نیکبخت سپس در سال ۱۳۸۵ پیراهن پرسپولیس تهران را برتن کرد و پس از سه سال از این تیم جدا شد.

او در این فصله برای تیم های استیل آذین، صبا و پیکان تهران بازی کرد.

نیکبخت تا سال ۱۳۸۷ عضو تیم ملی فوتبال ایران بود و در ۷۷ بازی ملی خود ۱۴ گل برای ایران به ثمر رساند.

این بازیکن ۳۳ ساله در گفت و گو با خبرگزاری مهر گفت: "از اعتماد فتح الله زاده (مدیرعامل استقلال) و قلعه نویی (سرمربی) تشکر می کنم. شنیدم امروز هواداران در تمرین برایم سنگ تمام گذاشتند. محبت آنها را با بازی های خوبم جبران می کنم و شما نیکبخت دیگری را در استقلال خواهید دید."